La Universidad Intercultural de Jalisco nace como una propuesta educativa durante los trabajos realizados por parte de las Autoridades Tradicionales y Agrarias para la construcción del Plan de Justicia Wixárika en coordinación con el Instituto Nacional de los Pueblos Indígenas; como parte de la formación educativa y profesional de los jóvenes wixáritari.

Con la finalidad de incidir en el desarrollo económico de la región y al mismo tiempo en la preservación de sus saberes y en el fortalecimiento de su identidad como parte de un Pueblo Originario.